故事紧接剧场版前篇，2024年的魔法阵都市笼罩在更浓重的阴影中。香津美在母亲牺牲后，内心始终无法接纳父亲遗留的魔法力量，那份力量既是诅咒也是责任，将她与普通少女的生活彻底割裂。她反复梦见母亲临终前的面容，以及父亲留下的神秘咒文，这些碎片逐渐拼凑出关于“Silent Möbius”计划的真相。与此同时，都市地下的魔性生物开始暴走，它们的目标直指香津美体内沉睡的魔力核心。AMP的成员们——包括冷静的狙击手、神秘的术士以及机械改造人——都在为即将到来的决战做准备。香津美被迫直面自己的身份：她不仅是母亲的孩子，更是魔法阵的继承者，唯一能稳定都市魔力网络的人。随着调查深入，她发现父亲的遗产并非单纯的力量，而是一个封印着远古魔神的仪式装置。若她拒绝继承，都市将在魔力崩溃中毁灭；若她接受，则可能被力量吞噬，重蹈母亲的覆辙。在伙伴们的支持与牺牲下，香津美终于决定踏上那条充满荆棘的道路，用魔法与意志对抗命运的枷锁，守护这片她曾想逃离的都市。