《特工次世代》改编自弐瓶勉的同名科幻漫画，故事设定在一个时间和地点皆无法判明的超未来。世界由高度发达的网络（软件）和作为其现实载体的超构造体（硬件）所构成，人类本应享受科技繁荣的成果，却因一场未知灾难丧失了连接网络的资格和能力，文明陷入停滞与混乱。主角九保是一名拥有特殊能力的“特工”，他受雇于巨型都市“赛博格”的安全机构，负责处理各种与网络和病毒相关的异常事件。某日，他在执行任务时邂逅了神秘少女“丽”，她拥有与网络直接连接的能力，这在本已失去网络资格的人类中几乎不可能存在。丽的出现引发了各方势力的追杀，九保被迫与她同行，逐渐揭开隐藏在世界背后的巨大阴谋。随着调查深入，九保发现这场灾难并非偶然，而是与超构造体的核心秘密紧密相连。他必须在有限的时间内，对抗强大的敌人，保护丽的安全，并最终面对关于人类存在与网络本质的终极抉择。影片融合了赛博朋克、动作与哲学思考，以冷峻的画风和紧凑的叙事，呈现出一场关于记忆、身份与救赎的末世冒险。