《黑衣人2》延续首部曲的科幻喜剧风格，故事发生在四年之后。特警K（汤姆·李·琼斯 饰）已卸下黑衣战袍，成为小镇一名平凡的邮局局长，过着远离外星纷争的平静生活；而J（威尔·史密斯 饰）则继续活跃于MIB总部，处理各类星际事务，却因搭档空缺而倍感孤独。此时，卡洛瑟星的邪恶女王蛇莲娜（劳拉·弗林·鲍尔 饰）为夺取宇宙能量“萨塔之光”降临地球，她拥有变形与操控记忆的可怕能力，企图摧毁MIB并掌控银河系。面对强敌，J在总部高层压力下被迫寻找已退休的K，但K的记忆已被清除，对MIB一无所知。J不得不采用“记忆唤醒”的非常手段，硬是把K拖回这场混乱的星际危机中。两人再度搭档，却因K的“失忆”闹出不少笑话：K把外星人当普通人，用老派方式处理案件，而J则要不断解释黑衣人的秘密。随着蛇莲娜步步紧逼，K逐渐找回零碎记忆，两人联手对抗蛇莲娜的阴谋，最终发现“萨塔之光”竟藏在自由女神像的火炬中。在一场充满爆笑与惊险的决战里，J和K用默契与机智挫败了女王的计划，守护了地球和平，也重新点燃了这对经典搭档的深厚情谊。