书生宁采臣和二哥宁采君进京赶考，途中盘缠耗尽，为免露宿荒野，只得硬着头皮入住传闻闹鬼的兰若寺。夜幕降临，寺中阴风阵阵，貌美如花的女鬼聂小倩悄然现身，她受树妖姥姥控制，专以美色引诱书生取其精血。宁采臣虽胆小却心地纯良，与小倩相遇后，两人渐生情愫，小倩也动了恻隐之心，不愿加害于他。与此同时，捉鬼道士燕赤霞来到寺中，识破小倩身份，意图除妖。宁采臣为保护小倩，不惜与燕赤霞周旋，更在得知小倩的悲惨身世后，决心助她脱离姥姥的魔爪。然而姥姥法力高强，小倩的魂魄被其牢牢掌控，宁采臣只能与燕赤霞联手，设法打破姥姥的束缚。在一次次惊险交锋中，宁采臣的真诚打动了小倩，也赢得了燕赤霞的信任。最终，众人合力击败姥姥，小倩得以解脱，但人鬼殊途，她的去留成为宁采臣心中最难解的结。影片融合了搞笑、温情与奇幻元素，在嬉笑怒骂间展现了一段跨越阴阳的凄美爱情。