萌骑士团与暗黑势力的大战结束半年后，萌学园迎来平静时光。然而，一颗突如其来的陨石划破天际，直坠校园，彗星小组在勘察时震惊地发现，萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石一同掉落在萌学园，且伤势严重，驶卷使微弱至极。大甜甜教员立刻展开紧急治疗，稳住艾瑞克的伤势，并迅速联络夸特诺基地的陶格长老前来协助调查。谜亚星在检查陨石时，发现其表面刻有异界符文，暗示着陨石并非自然天体，而是来自异界的传送媒介。随着调查深入，萌骑士们发现，暗黑势力虽已败退，但异界之门正被悄然开启，一股更强大的黑暗力量蠢蠢欲动。艾瑞克在昏迷中不断喃喃自语，似乎与异界有着某种神秘联系。萌骑士团必须在异界通道彻底打开前，找到关闭的方法，并保护萌学园免受入侵。面对未知的敌人与重重谜团，萌骑士们再度集结，团结一心，展开一场关乎萌学园存亡的异界对决。