宇宙彼方K隆星的KERORO小队，依旧以侵略地球为终极目标，却总在阴差阳错间沦为地球的守护者。然而，这次他们面对的敌人，竟是来自平行世界的另一个克罗罗军曹！这个神秘而强大的“黑暗克罗罗”带着毁灭性的力量降临，天空被撕裂，城市陷入恐慌。冬树与KERORO小队在调查中发现，黑暗克罗罗的诞生与K隆星古老的禁忌实验有关，而他的目标不仅是征服地球，更是要彻底改写两个世界的命运。面对实力远超自己的对手，KERORO小队必须克服内部分歧，与冬树以及地球上的伙伴们联手，展开一场关乎两个宇宙存亡的天空大决战。在这场战斗中，KERORO军曹将直面自己的影子，领悟真正的勇气与友情。而冬树也将在危机中做出关键抉择，守护他珍视的地球与羁绊。最终，光明与黑暗的碰撞，将决定两个世界的未来。