东京湾附近接连发生诡异的破坏活动，城南署刑事久住与秦被指派负责调查。随着调查深入，秦在偶然中结识了担任大学讲师的冴子，两人在接触中逐渐产生好感，为这场阴郁的案件增添了一丝温情。然而，平静的调查被打破。秦与久住追踪线索来到东京湾上的储备基地，却遭遇了令人毛骨悚然的场面——一种被称为“废弃物13号”的异型怪物正在将人类一个个吞噬。这种怪物似乎与基地的秘密实验有关，其存在远超两人的想象。面对失控的机械威胁，秦和久住必须与时间赛跑，在有限的线索中拼凑出真相。而冴子的身份与过往，也在这场危机中逐渐浮出水面。当废弃物的真相被揭开，等待他们的不仅是生死考验，更是对人性与科技的深刻拷问。本片作为《机动警察》系列的剧场版作品，以紧张的悬疑氛围和深刻的主题探讨著称，融合了科幻、动作与情感元素，展现了在科技失控的阴影下，人类如何直面自身创造的怪物。