清末，朝廷腐败，大内总管曹公公暗中勾结洋人，以“黑衙门”为掩护，贩卖国家机密，残害忠良之士。一日，黄飞鸿途经小镇，偶遇一桩离奇命案，死者身上留有朝廷密令的印记，而官府却草草结案，欲盖弥彰。黄飞鸿心生疑虑，决定暗中调查。他深入虎穴，发现黑衙门势力盘根错节，不仅勾结地方官员，更以洋人军火为筹码，企图颠覆朝纲。曹公公得知黄飞鸿插手，设下重重陷阱，企图将其灭口。黄飞鸿凭借一身精湛武艺和过人胆识，屡次化险为夷，并结识了同样痛恨黑衙门的义士与受害百姓。在与曹公公的正面交锋中，黄飞鸿揭开了黑衙门的惊天阴谋——他们竟计划以洋人火炮轰击京城，嫁祸义和团，从而嫁祸于人、窃取大权。黄飞鸿联合武林同道，夜闯黑衙门总部，与曹公公及其爪牙展开殊死搏斗。最终，黄飞鸿以佛山无影脚和虎鹤双形拳力克强敌，将曹公公一伙绳之以法，救出被囚忠良，销毁通敌密函。黑衙门彻底覆灭，黄飞鸿虽一身伤痕，却守护了家国安宁，践行了“侠之大者，为国为民”的信念。影片以酣畅淋漓的动作场面和家国情怀，再现一代宗师的浩然正气。