《逃亡医F》讲述天才脑外科医生藤木圭介（成田凌饰）的绝境逆袭。他医术超群，前途无量，却因恋人八神妙子从医院屋顶坠落身亡，被警方指控为杀人嫌犯。为洗清冤屈、查明真相，他放弃地位与名誉，化名鸣海健踏上逃亡之路。逃亡途中，他隐姓埋名，辗转于各地，却始终无法割舍医者仁心。每当遇到急需救治的患者，他都会冒险出手，凭借顶尖的脑外科技术挽救生命。然而，每一次出手都意味着暴露身份的风险，警方追捕与黑道势力步步紧逼，让他陷入两难境地。在逃亡与救人的双重压力下，藤木逐渐发现恋人坠楼事件背后隐藏着巨大的医疗黑幕与权力阴谋。他一边躲避追捕，一边搜集证据，与时间赛跑。途中，他遇到形形色色的人，有信赖他的患者，也有怀疑他的对手，更有暗中相助的神秘力量。随着调查深入，真相愈发扑朔迷离。藤木必须在保全自身与揭露真相之间做出抉择，而他的医术不仅是谋生工具，更成为他坚守正义、对抗黑暗的武器。一场关于爱与背叛、真相与谎言的生死较量就此展开。