在纽约中央动物园，企鹅四人组继续着他们“秘密特工”式的日常。老大依旧是团队的主心骨，用沉稳的声线和果断的决策指挥行动；卡哇伊则沉迷于发明各种稀奇古怪的 gadget，从会爆炸的爆米花机到能喷出彩虹的消防栓，总能派上用场；单纯的菜鸟总是满怀热情地冲锋陷阵，却常常闹出笑话；而凉快则一边吐槽一边负责“善后”，用毒舌和贪吃为团队增添无数笑料。这一季中，动物园迎来了新邻居——一群自诩高贵的海豹，以及总爱捣乱的人类管理员。企鹅们不仅要应对园内食物被偷、游客骚扰等琐碎麻烦，还要提防暗中潜伏的敌人：曾经被企鹅们羞辱过的章鱼戴夫，如今带着复仇计划卷土重来，企图用“章鱼怪”药剂将所有企鹅变成丑陋的怪物。老大带领团队展开一系列“秘密潜入”行动，从潜入海洋馆窃取情报，到伪装成吉祥物混入人类派对，每一次计划都充满意外与反转。与此同时，亚历克斯、马蒂、梅尔曼和格洛丽亚偶尔会从马达加斯加寄来明信片，分享他们的丛林冒险，企鹅们则一边吐槽“他们又在度假”，一边继续守护着动物园的秩序。最终，在一场滑稽的“章鱼大战”中，企鹅们用智慧与团队精神击败了戴夫，并让所有动物意识到：无论身处何方，朋友与家人才是最重要的。整季笑料密集，节奏明快，充满对经典间谍片的恶搞致敬，适合全家一起观看。